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耐多药结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因katG突变分析
异烟肼(isoniazid,INH)是一种重要的抗结核药物,其在细菌体内被过氧化氢酶-过氧化物酶KatG氧化为乙酰异烟肼自由基和活性氧自由基等活性物质,进而攻击结核分枝杆菌多个靶位点来发挥杀菌作用[1].Zhang等[1]通过Southern印迹杂交(Southern blot)发现结核分枝杆菌katG 基因缺失和异烟肼耐药相关.研究表明,异烟肼耐药与许多基因相关,发生频率高的为katG编码区和inhA启动子区的突变[2-3],katG315位突变常见,有30％～94％的耐药株发生该突变[2,4],但国内对于该基因其他位点的突变研究较少.本研究通过对河南省耐多药(multidrug resistant,MDR)结核分枝杆菌katG编码区全长突变进行分析,进一步分析异烟肼的耐药机制.
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ARHI抑癌基因与肿瘤关系的进展
一、ARHI基因结构和功能肿瘤抑制基因ARHI(aplysia ras homo log 1),又名NO-EY2或ras同源基因家族成员Ⅰ(ras homolog gene,member Ⅰ)或DIRAS3.ARHI是一个印迹基因,人ARHI基因定位于1p 31,总长约为8kb,由2个外显子和1个内含子组成.外显子Ⅰ为81个未编码的核苷酸,外显子Ⅱ则包括整个蛋白质的编码区[1].
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云南边境地区登革1型病毒非结构蛋白编码区序列测定及进化分析
登革病毒有4个血清型,可引起登革热和登革出血热/登革休克综合征.登革病毒包括5'和3'非编码区(UTR)及一个单一的开放阅读框(ORF),该ORF编码一个聚蛋白前体,经蛋白酶裂解加工成3种结构蛋白(C、PrM和E)和7种非结构蛋白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5)[1].
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戊型肝炎病毒的动物宿主研究进展
戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)是1982年发现的一种新型肝炎病毒[1],当时称为肠道传播的非甲非乙型肝炎病毒,1989年正式命名为HEV.其基因组为单股正链RNA,全长约7.2 kb,基因组编码区有3个开放读码框架(ORFs).HEV至少有8个基因型[2];基因1型和2型分别为亚非型和墨西哥型;美国的猪和人HEV为基因3型;中国的北京株和台湾株HEV属于基因4型;欧洲株、意大利株和希腊株等属于HEV基因5～8型.HEV主要经粪-口途径传播,有流行和散发两种形式.流行主要发生在发展中国家,多因水源被污染引起.散发主要发生在欧美一些发达国家,患者多有到流行区的旅游史,但也有的患者发病前未到过流行区.为弄清楚HEV感染和流行的真正原因,各国学者对HEV的动物宿主进行了大量研究,并取得了不少的进展,现综述如下.
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慢性乙型肝炎患者HBV前S1抗原及HBV-M和HBV-DNA与肝功能的关系
乙型肝炎病毒(HBV)基因组表面抗原(HBsAg)编码区(S区)由S、前S1和前S2基因组成,分别编码S、前S1和前S2三种主要蛋白,从而共同构成HBV外壳蛋白[1].作为一项新的HBV血清学检测指标,乙型肝炎病毒前S1抗原(HBV preS1-Ag)的检测已被普遍应用于乙型肝炎的实验室诊断和疗效观察.我们对310份慢性乙型肝炎患者血清进行了HBV preS1-Ag、HBV-M、HBV-DNA及丙氨酸氨基转移酶(ALT)、门冬氨酸氨基转移酶(AST)联合检测,进而分析探讨这些指标之间的关系.
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凝血酶激活的纤溶抑制物编码区基因多态性与脑梗塞亚型的关系
凝血酶激活的纤溶抑制物(thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor,TAFI)是近年来发现的存在于血浆中的一种以无活性的酶原形式存在的单链糖蛋白,其活化产物TAFIa主要通过使纤溶酶失去与纤维蛋白的结合作用位点抑制纤溶,所以TAFI在血栓性疾病如缺血性脑血管疾病的发生、发展过程中发挥重要作用,而参与TAFI生成的编码及调控的基因多态性位点也得到了医学界很大的关注.
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中国汉族人HIV辅助受体CCR5编码区新SNP位点研究
[摘要] 目的 普查中国汉族人群HIV-1协同受体CCR5编码区的基因多态性位点,为中国的艾滋病防治提供依据.方法CCR5编码区用2对引物进行PCR扩增,设计测序引物依次测序,样本数为45例,用DNAstar分析测序结果,寻找SNP位点.
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线粒体DNA与消化性肿瘤关系的研究进展
线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码参与氧化磷酸化和ATP生成所必需的多肽,与核基因组相比mtDNA突变率非常高,加之本身缺乏有效的损伤修复系统,所以mtDNA被认为与肿瘤发生有密切的关系.mtDNA的编码区内缺乏内含子,大多数突变发生于此编码序列,突变的积累可能导致肿瘤的发生.mtDNA的表达改变可能是癌细胞的一个特性.近年来对线粒体基因组的不稳定性(mito-chondrial genomeinstability,mtGI)及mtDNA与核基因组的整合研究逐渐增多,尤其针对消化性肿瘤的研究逐渐增多.肿瘤mtDNA的研究将成为对消化性肿瘤研究的又一项重要课题.本文将对线粒体基因组的突变、表达异常、整合和不稳定性与消化性肿瘤发病机制的关系,尤其是在近年所取得的进展作一综述.
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调控性SNPs
人类遗传学的一个重要问题是如何鉴别那些能改变基因表达水平的多态性.通过对不同个体外显子序列的重新测序,可较容易地将编码区的多态性进行分类[1],而调控性SNPs因陷于基因附近的多态性"海洋"中,很难被准确描述[2].因此需要很多不同的策略来建立调控性多态的数据库.
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河南省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB突变分析
目前认为,编码RNA聚合酶beta亚基rpoB基因突变,使利福平不能与其结合而产生对利福平耐药[1].单耐利福平菌株的rpoB基因突变多分布在利福平耐药决定区(rifampin resistance determining region,RRDR),且通过检测RRDR区内特定突变可发现95%～98%的利福平耐药菌株[1],但仍有2%～5%耐药菌株的耐药机制不明.本研究对较大样本量的耐多药MTB利福平耐药相关基因rpoB编码区进行突变分析,以进一步阐明其耐药机制.
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bcl-2部分编码区的反义RNA促进烷化溶血磷脂诱导的白血病细胞凋亡
bcl-2抗凋亡基因在白血病细胞株常有高表达,引起对化放疗的耐受,封闭该基因的转录和翻译都将诱导白血病细胞凋亡,且对化放疗敏感.本研究通过比较逆转录病毒载体介导的全部和部分编码区的bcl-2反义基因瞬时和稳定表达在对抗bcl-2作用、降低内源性bcl-2蛋白水平和对烷化溶血磷脂ET 18-OCH3 (ALP)诱导白血病细胞凋亡的影响的差异,探讨了短片段bcl-2反义RNA作用特点,以期为硫代寡聚脱氧核苷酸的治疗白血病和对ALP协同体外净化白血病细胞提供实验基础.
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肿瘤中GLI1RNA编辑的下调及其潜在功能分析
目的 检测癌相关基因GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑,比较编辑水平在肿瘤与正常细胞系中的差异,并分析编辑事件的潜在影响,以期揭示其与癌症发生发展的关联.方法 通过PCR、RT-PCR及测序的方法检测GLI1编码区DNA和RNA序列上的差异,以此来识别该区域上的A-to-I RNA编辑事件和比较肿瘤与正常细胞系中编辑位点的编辑水平差异.使用多种生物信息学工具分析编辑事件的潜在功能影响.结果 在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中均检测到GLI1转录本上对应染色体12∶56150891的位置发生A-to-I RNA编辑,该编辑事件导致GLI1第701位氨基酸由精氨酸转变为谷氨酸.与相应的正常细胞系相比,肝癌细胞系及乳腺癌细胞系中该位点的编辑水平明显降低.生物信息学分析表明此编辑事件能改变编码的氨基酸,并可能破坏外显子剪接增强子及影响蛋白质高级结构.结论 GLI1编码区发生的A-to-I RNA编辑在人脑、乳腺、小肠组织及多种细胞系中普遍存在.该编辑事件在肝癌和乳腺癌细胞系中的下调提示其可能与癌症的发生发展相关.
关键词： Gli1 编码区 A-to-I RNA编辑 生物信息学 肿瘤 -
载脂蛋白E基因编码区及其转录调控区+113G/C多态在中国正常人群中的分布
目的:探讨中国正常人群中载脂蛋白E(ApoE)基因编码区及其转录调控区+113G/C多态的分布.方法:采用聚合酶链反应(PCR)和限制性片段长度多态(RFLP)方法,检测ApoE基因编码区及其转录调控区+113G/C多态各等位基因及基因型的频率分布.结果:正常人群中ApoE基因及转录调控区+113G/C多态基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡.按是否含ApoE ε4基因分层后,ε4与非ε4型人群等位基因和基因型频率分布差异均无显著意义(基因型χ2=1.819,P=0.178;等位基因χ2=4.952,P=0.085).按+113G/C多态各基因型分层后,各人群间ApoE基因型差异无统计学意义(G/G 与非G/G χ2=1.145,P=0.95;C/C与非 C/C χ2=3.997,P=0.55).但ε4等位基因与C/C基因型连锁分离的概率为0,ε4纯合基因型与+113G纯合基因型共分离的概率亦为0.结论:中国正常人群中ε4等位基因与+113C纯合基因型及ε4纯合基因型与+113G纯合基因型共分离相当罕见,这两种基因连锁分离时可能不利于中国人群的生存.
关键词： 载脂蛋白E 基因多态 编码区 转录调控区+113G/C 正常人群 -
西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列测定及分析
目的:对保存的西尼罗病毒Chin-01株基因组编码区序列进行测定,了解其与已报道毒株的序列差异及系统进化关系.方法:对Chin-01株病毒基因组编码区分区段进行RT-PCR扩增,分别将扩增产物直接进行测序,采用DNAstar软件将测序片段拼接获得全长编码区序列.结果与结论:Chin-01株基因组编码区全长10302nt,为单一读码框架,编码3434个氨基酸.其中结构蛋白基因为2373nt,依次编码4种结构蛋白(C,PrM,M和E);非结构蛋白基因全长7926nt,依次编码7种非结构蛋白(NS1,NS2a,NS2b,NS3,NS4a,NS4b和NS5).序列同源性分析表明,Chin-01株与埃及Eg101株高度同源,两者氨基酸序列仅有0.3%的差异.该株西尼罗病毒基因组编码区序列已输入GenBank数据库.
关键词： 西尼罗病毒(Chin-01株) 编码区 序列测定 -
1株辛德毕斯病毒基因组编码区序列测定及分析
目的:对保存的一株辛德毕斯病毒基因组编码区序列进行测定,阐明其与已报道毒株序列的差异.方法:对辛德毕斯病毒基因组编码区进行分段RT-PCR扩增,将扩增产物直接进行测序,采用DNA Star软件将分段测序结果拼接得到全长编码区序列.结果与结论:此株辛德毕斯病毒基因组编码区全长11 322 nt,编码3 774个氨基酸,其中非结构基因长7 539 nt,编码4种非结构蛋白NSp1,NSp2,NSp3,NSp4;结构基因全长3 735 nt,编码5种结构蛋白E1,E2,E3,6K和C蛋白.非结构基因和结构基因之间有48 nt的不翻译连接区.序列同源性分析结果表明,此株病毒与HRsp株的同源性高,两者核苷酸序列同源性为99.7%,氨基酸序列同源性为99.6%.此株病毒与HRsp株病毒亲缘性高,同属于南非-欧洲组.
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采用集合转化的方法构建HIV-1蛋白酶区和反转录酶区T-A克隆载体
DNA重组技术是将两个或多个单独的DNA片段连接起来产生一个能在特定宿主中自主复制的DNA分子。重组DNA分子简单的构建方法是将基因片段克隆到质粒或噬菌体等克隆载体上。常用的质粒载体有pBR322、pUC和pGEM等。这些载体含有不同的多克隆位点，适于将含有不同酶切位点的DNA片段连接起来[1]。
获得性免疫缺陷综合征（acquired immune defi-ciency syndrome, AIDS）又称艾滋病，是由人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）引起的一种严重危害人类健康的致死性传染病。在HIV感染的所有阶段，都有持续高水平的HIV复制[2]。这种病毒的持续复制与耐药的发生和发展密切相关。HIV-1为单链RNA病毒，基因组全长约9.8 kb，中央编码区由3个结构基因gag、pol、env组成，其中pol基因片断覆盖 HIV 蛋白酶和反转录酶的编码区，目的片段长度为1865 bp[3，4]。我们采用集合转化方法对HIV-1反转录酶区进行T-A克隆，以得到重组质粒，为表型耐药下游实验摸索一套较为成熟的方法，报告如下。 -
贵州四个民族人群线粒体DNA编码区的多态性
目的 研究贵州土家族、侗族、仡佬族和彝族人群线粒体DNA(mtDNA)编码区的核苷酸多态性.方法 采用PCR-RFLP技术和DNA测序法对贵州4个群体145例样本mtDNA编码区的8个SNP基因座及COⅡ/tRNAlys基因间9 bp缺失进行多态性分析.结果 贵州4个民族群体的9 bp缺失频率依次为土家族18.4%,侗族29.7%,仡佬族25%,彝族16.7%,平均缺失频率为22.8%;在8个SNP基因座中, A 10398G、C 10400T突变在4个群体中较普遍;A663G、C5178A和G12406A突变在部分民族群体中也有较高的频率;共检测出14种单倍型,其中仡佬族11种,土家族10种,侗族8种,彝族6种.结论 贵州4个民族群体mtDNA编码区可能存在不同的突变热点,在等位基因和单倍型分布频率上存在一定差异.
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RhD表型阴性分子机制的研究
我们对76名中国汉族RhD阴性个体的RHD基因全长编码区进行序列分析,初步探讨中国人D阴性的分子背景,报道如下.
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白细胞介素-6与纤维化疾病
白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)是相对分子质量19 000～28 000的糖蛋白,可由T细胞、B细胞、单核细胞和非淋巴细胞产生.其基因位于第7号染色体,全长5 kb,含有4个内含子及5个外显子,通过对其编码区及上、下游序列的研究,发现该基因多态性主要存在启动子区的-597G/A、-572C/G、-174 G/C、-373AnTn[1].其基因表达的变化与某些疾病的病理生理变化密切相关.
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丙型病毒性肝炎的诊断与治疗
1989年美国Choo等应用分子克隆技术,从受感染的黑猩猩血液标本中找到了一个与本病恢复期血清起阳性反应的克隆,命名丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV),由其引起的肝炎命名为丙型肝炎(hepatitis C,HC).初步研究表明在电镜下HCV为RNA病毒,其直径为55nm,呈球形颗粒,HCV基因组总长9 416个核苷酸,为单股正链,有一个大的开放读码框架,能编码3 014个氨基酸多肽,基因组的两侧分别为5'和3'端的非编码区,编码区从5'端依次为核蛋白(C)区,包膜蛋白(E)区和非结构(NS)区.后者又分为NS1、NS2、NS6、NS4、NS5、等区,NS1又称为E2/NS1.C区基因编码核壳蛋白,E1E2/NS1编码包膜糖蛋白,两者为病毒结构蛋白,NS2、NS6、NS4、NS5区各自编码不同功能的非结构蛋白,其中NS5编码HCV基因组螺旋酶,NS5编码HCV基因组的复制酶.传染源是急、慢性患者和亚临床感染者.传染播途径主要为输血及血液制品,也可通过血液透析、单采血浆、肾移植、性接触、静脉吸毒、母婴传播等.
