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K-ras基因、胰腺癌缺失基因4变异诊断胰腺癌的价值
胰腺癌起病隐匿,发展迅速,预后极差.本研究采用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)和PCR-单链构象多态性(SSCP)银染技术,分别对胰腺良恶性病变中K-ras基因12密码子点突变、胰腺癌缺失基因(DPC)4基因第8、11外显子变异进行检测,探索其在胰腺癌诊断中的价值.现报道如下.
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血浆K-ras基因突变检测在结肠癌诊断中的意义
20世纪90年代初华北地区普查结果显示结肠癌发病率已达24.31/10万,接近世界中等发病地区水平,且有倍增的趋势.近年来随着分子生物学的迅猛发展,结肠癌是多基因相关疾病的观点已被广大学者接受,其中K-ras基因突变发生在结肠腺瘤的早期.我们检测了结肠癌患者血浆DNA中K-ras基因12密码子的突变,对其在结肠癌诊断中的意义进行探索.
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结肠癌患者癌组织及其粪便K-ras基因突变的检测
K-ras基因的突变与结、直肠癌密切相关,结、直肠癌患者K-ras点突变率达40%~50%以上,且点突变几乎皆位于12、13和61密码子,其中大多数突变点位于12密码子[1].我们通过检测结、直肠癌组织及其粪便中K-ras基因的突变,了解粪便中基因突变检测的可行性.
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痣样基底细胞癌综合征一家系PTCH1基因突变分析
目的 对痣样基底细胞癌综合征一家系进行PTCH1基因突变分析.方法 提取先证者(Ⅱ5)及Ⅱ1、Ⅱ3、Ⅲ4的DNA,以50例健康人为对照.应用聚合酶链反应(PCR)、DNA直接测序明确突变位点,根据突变位点设计特异性引物,用PCR来检测突变位点从而进一步确定该家系的致病原因.结果先证者PTCH1基因的1条等位基因第14号外显子上2137位胞嘧啶C被胸腺嘧啶T替代(c.2137C>T),即CAG→TAG,导致终止密码产生(Q714X),Ⅲ4也检测到相同突变.健康对照者中未检出该突变.结论PTCH1基因的无义突变(c.2137C> T)可能是引起该患者临床症状的特异性突变.
关键词: 痣样基底细胞癌综合征 PTCH1基因 密码子 无义 -
Hallopeau-Siemens型隐性营养不良型大疱性表皮松解症一例的基因突变研究
目的鉴定一常染色体隐性遗传营养不良型大疱性表皮松解症家系的基因突变.方法应用PCR、DNA直接测序明确突变位点,根据突变位点设计特异性引物,用PCR检测突变位点从而进一步确定该家系的致病原因.结果发现该患者COL7A1基因的一条等位基因第2号外显子上存在S48P的错义突变,而另一条等位基因第27号外显子上存在3625del11缺失突变,造成编码区阅读框架的移位,终导致蛋白终止密码(PTC)的产生.隐性营养不良型大疱性表皮松解症患者这种两个突变的组合在国际上为首次报道.结论COL7A1基因的缺失突变和错义突变引起该患者临床症状的特异突变.
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板层状鱼鳞病患者转谷氨酰胺酶1活性缺失及其基因突变
目的检测一板层状鱼鳞病家系中患者转谷氨酰胺酶1的活性及其编码基因的突变.方法 以免疫组化法检测患者转谷氨酰胺酶1的活性,PCR扩增该基因的全部编码序列,并行DNA测序.结果 患者皮肤转谷氨酰胺酶1的活性完全缺失.PCR结合DNA测序发现患者该基因第4外显子存在异常:第604位碱基由胞嘧啶突变为胸腺嘧啶,使第202位氨基酸由谷氨酰胺(Q)变为终止密码(R202X),导致其编码的蛋白缺失了C端的615个氨基酸.其父母皆为杂合子.结论板层状鱼鳞病患者转谷氨酰胺酶1的活性完全缺失,是其转谷氨酰胺酶1基因的无义突变,引起编码的蛋白缺陷.
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一个遗传性对称性色素异常症家系ADAR1基因突变分析
目的 检测1个遗传性对称性色素异常症家系中ADAR1基因的突变位点.方法 提取一遗传性对称性色素异常症家系成员(5例患者,3例非患者)和100例无血缘关系的健康对照外周血标本,PCR扩增ADAR1基因全部15个外显子序列并测序,参考Genebank中ADAR1基因标准序列对比分析突变位点.结果 该家系5例患者ADAR1基因2号外显子第1 420位碱基C突变为T,为无义突变,即C.1420C> T(p.Arg474X),家系其他健康成员和100例无关健康人中未发现此突变.结论 该遗传性对称性色素异常症家系的致病突变为ADAR1基因C.1420C>T无义突变.
关键词: 密码子 无义 基因 ADAR1 遗传性对称性色素异常症 -
胰腺癌组织中K-ras基因点突变和端粒酶活性的检测与比较
许多近期研究已显示出分子生物学特征在胰腺癌发生发展中起着重要作用,现认为K-ras基因是与胰腺癌高度相关的癌基因,其第一外显子12密码子点突变见于90%左右的胰腺癌,远远高于在其它肿瘤的突变发生率.日前资料也显示,在正常组织中均无端粒酶活性检出,而在绝大多数恶性肿瘤组织均显示明显的端粒酶活性.
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SmaRT快速克隆多药耐药基因(MDR1)cDNA产物
肿瘤细胞在化疗中会对许多药物产生耐药性,称多药耐药(multidrug res i stance,MDR),导致MDR的一个重要机制就是细胞膜上一种分子量为170K Da的P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)的过度表达[1]。P- gp主要由位于人第7号染色体q21.1的多药耐药基因MDR1编码。研究MDR多在信使核糖核酸(mRNA)和蛋白质水平。MDR1cDNA长4669bp,第179~ 3840bp之间为可读区,共编码1280个氨基酸残基,其中第185密码子被认为是编码影响P-gp药物结合位点的氨基酸残基。把包含185密码子的长约269bp的M DR1cDNA片段克隆到载体PGEM-3Zf(+)中作为探针,为进行体外转录或对临床标本进行分子杂交做好前期工作[2]。
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K-ras基因在胰腺癌中的研究进展
胰腺癌K-ras基因点突变率高达67~100%[1~15],突变几乎总是发生在第12位密码子上,突变方式也几乎皆为CGT、GTT及GAT,而正常胰腺组织、急慢性胰腺炎、胰岛素瘤、胰腺良性囊肿及胰腺其他疾病均无K-ras基因突变.因此,检测K-ras基因第12位密码子有无突变,有助于临床判断胰腺肿块的良恶性及胰腺癌的诊断.本文就近十年来的研究进展及方法作一综述.
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p53基因第72位密码子突变与食管鳞癌临床病理特征关系的研究
目的研究p53基因第72位密码子(p53 codon72)突变与人食管鳞癌临床病理特征的关系.方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度(PCR-RFLP)方法检测118例人食管鳞癌组织及癌旁正常食管黏膜组织的p53 codon72的突变及其差异,并分析其与食管鳞癌临床病理特征的关系.结果 p53 codon72的Arg/Arg和Pro/Pro或Arg基因型在癌组织和癌旁正常食管黏膜组织的频率分别为11.0%和38.1%、4.2%和7.6%.p53 codon72 Arg/Pro基因型在癌组织和癌旁正常食管黏膜组织分布差异具有显著性(χ2=55.75,P<0.01),p53 codon72突变与p53蛋白表达有关(χ2=15.21,P<0.01);且p53 codon72的Pro等位基因与食管癌的TNM分期、分化程度和淋巴结转移均呈显著相关(P<0.01).结论抑癌基因p53第72位密码子突变在食管癌发生、发展中可能起重要作用.
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大剂量术前放疗对手术效果和结肠吻合口愈合的影响 Tp53 72位密码子多型性与宫颈癌乳房自检有争议细胞增殖和凋亡判断乳腺癌化疗敏感性
剂量术前放疗对手术效果和结肠吻合口愈合的影响 直肠癌手术后的局部复发率高达 30%,近术前小剂量放疗改善了局部复发率和总的生存率。但局部晚期肿瘤的降期术前至少需要 50Gy~ 60Gy的放疗,绝大多数有关术前放疗作用的实验研究均采用单次剂量或有限次数分隔剂量的放疗,并且绝大多数研究吻合口两侧的肠管均接受放疗。但在临床工作中,通常吻合口有一侧肠管未经放疗, WCeelen等研究了类似于临床的分次大剂量放疗对大鼠结肠吻合口愈合的影响。在动物模型中,当仅吻合口一侧肠管接受放疗,采用临床使用的剂量分隔方案进行术前放疗并不影响手术效果或吻合口愈合。
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密码子优化提高重组金葡菌肠毒素O在大肠杆菌中的表达水平
目的:优化稀有密码子提高重组肠毒素O的表达量.方法:将带His标签的肠毒素O成熟肽克隆至pET28a质粒上,采用PCR方法对15个稀有密码子进行突变,将突变后的重组质粒转化入大肠杆菌BL21(DE3),并进行蛋白表达及活性鉴定.结果:通过稀有密码子优化,重组肠毒素O的表达量由茵液总蛋白的7.49%提高至19.8%;小鼠淋巴细胞增殖试验表明,通过密码子优化的肠毒素O具有刺激淋巴细胞增殖的作用,并且其增殖作用与未优化前的肠毒素O相当.结论:稀有密码子优化能够有效增加肠毒素O的表达量.
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乙型肝炎病毒基因变异的临床意义
1 乙型肝炎病毒基因组结构与功能乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组由一松弛环状、部分呈双链结构、长度约3.2kb的小DNA分子构成.长链又称负链,代表完整的核酸序列,长度恒定;短链又称正链,为负链全长的50%~70%.HBV负链含有四个开放读码框,分别为S、C、P、X基因区[1].P区编码病毒DNA聚合酶,与病毒基因组的复制、转录和包装有关;C区有两个启始密码子,分别编码HBeAg和HBcAg;X区编码X蛋白(HBxAg),该蛋白具有转录反式激活功能,可能与肝癌的发生有关;S区由PreS1、PreS2和S基因组成,分别编码病毒外膜蛋白(SHBsAg、MHBsAg及LHBsAg).
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拉米夫定治疗后乙肝病毒发生YMDD变异的检测及其临床意义
拉米夫定是新一代核苷类抗乙型肝炎病毒(HBV)药物,对HBV有明显抑制作用,但在长期的用药过程中,部分病人出现耐药性.有研究表明,此耐药性与HBV多聚酶基因YMDD(酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸)基序中的核苷酸变异有关[1,2].其变异主要有两种形式:HBV的P基因C区522位密码子蛋氨酸突变为缬氨酸(YVDD变异)或异亮氨酸(YIDD变异).为了探讨YMDD变异对拉米夫定治疗效果的影响,本文对234例经拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎(乙肝)患者血清标本进行了YMDD检测,同时观察其血清HBV DNA和ALT水平的变化以及与乙肝血清标志物的关系.
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p53基因第72位密码子多态性与宫颈癌相关性
目的探讨p53基因第72位密码子多态性与新疆汉族人群宫颈癌发生的关系.方法采用限制性酶切片段多态性分析(RFLP)技术检测72例宫颈癌及正常宫颈石蜡包埋组织中p53基因多态性的分布,分析两者之间的相关性.结果p53基因3种基因型Arg/Arg、Pro/Pro、Pro/Arg在宫颈癌中所占比例分别是21.0%,39.5%,39.5%,对照组为38.2%,14.7%,47.1%,两组总构成比差异有显著性(X2=6.01,P<0.05),Pro/Pro在宫颈癌中所占比例高于对照组,没有发现Arg/Arg在宫颈癌中所占比例高于对照组,在HPV16、18阳性宫颈癌中所占比例分别是22.2%(4/18)、50.0%(9/18)、27.8%(5/18),Pro/Pro所占比例明显高于其它两型.结论p53 Pro/Pro基因型可能是新疆汉族女性宫颈癌主要遗传易感因素.
关键词: 宫颈肿瘤 基因 P53 多态性现象(遗传学) 密码子 -
云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析
目的 探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系.方法 运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析.结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主.ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSr-CoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响.基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARS-CoV关系极为密切.同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中.结论 新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高.
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美国《Emerging infectious diseases》2013年第10期有关人兽共患病论文摘译
我们在转基因小鼠身上表达113位密码子为亮氨酸(113L突变)的牛朊病毒蛋白(PrPC).该蛋白质与102L突变的人蛋白质同源,102L突变已证实与Gss有遗传学的联系.这种PrPc突变可导致完全渗透的、致命的海绵状脑病.
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密码子优化提高海藻糖合成酶基因在大肠杆菌中的表达水平
目的 优化灰色链霉菌海藻糖合成酶(Trehalose synthase,TreS)基因密码子,提高海藻糖合成酶大肠杆菌基因工程菌株表达水平.方法 基于大肠杆菌基因组密码子偏好数据表对tres基因进行密码子优化得基因tres1.基因工程法构建分别含tres及tres1基因的表达载体pET-26b(+)-tres和pET-26b(+)-tres1,CaCl2法转入大肠杆菌BL21(DE3)获得表达海藻糖合成酶的大肠杆菌基因工程菌株,采用异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,对摇瓶发酵粗酶液进行十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析及酶活性测定以确定表达水平.结果 1707 bp海藻糖合成酶tres基因共优化碱基序列268 bp,优化后序列的GC含量由65.8%降低至54.4%,密码子适应指数(CAI)由0.37提升至0.97,SDS-PAGE及酶活性分析表明,含pet-26b(+)-tres1表达载体的大肠杆菌基因工程菌株海藻糖合成酶蛋白表达量高,酶活性比含pet-26b(+)-tres工程菌提高60.3% 以上.结论 密码子优化可有效提高海藻糖合成酶TreS蛋白在大肠杆菌中的表达,为海藻糖合成酶的异源高效表达提供了重要参考.
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肇庆市G-6-PD缺乏者筛查和基因突变的分析
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)缺乏是常见的人类遗传性代谢病之一,属X连锁不完全显性遗传病.它是引起蚕豆病、药物性溶血、新生儿高胆红素性溶血症、感染性溶血等疾病的遗传基础.G-6-PD缺陷是由于基因突变引起的.国际上已报道的该基因内部不同位点的点突变达50种以上,另外,还发现一个密码子的缺失型突变,其中11种点突变是在中国人体内发现的.