首页 > 文献资料
-
中国食管癌分子流行病学研究
食管癌是我国常见的癌症之一,目前其临床治疗效果还相当有限,5年生存率不到15%.我国研究者对食管癌进行了长期的研究并取得显著成绩,提出环境因素是食管癌病因的假说.然而,同样暴露于相似环境因素的人群,却只有少数人发生食管癌,提示个人的遗传因素对食管癌发生可能有重要作用.目前普遍认为食管癌是多因素作用,多基因参与,多阶段发展的疾病,然而其发生和发展的确切机制仍未阐明.已有许多研究探讨了食管癌中癌基因和抑癌基因的改变[1],有人用cDNA芯片分析食管癌变不同阶段的基因表达谱[2],这些研究有助于认识食管癌的生物学性质以及发生和发展过程中的分子生物学的改变.近有人对我国北方食管癌家族聚集性进行研究,认为存在高度外显的易感基因[3],另一研究也提示林县食管癌符合孟德尔常染色体隐性遗传[4].然而,至今尚无直接证据证明确实存在高度外显的食管癌易感基因.我们设想,即使存在这种高度特异的易感基因,也可能只局限于一些家族性食管癌,正如BRCA1/2与乳腺癌一样;而大多数散发性食管癌更可能是一系列多态性相关基因之间以及这些基因与环境之间相互作用引起的.
-
HUT78淋巴细胞感染HIV-1病毒后基因表达变化的研究
人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)攻击的靶细胞有CD4阳性的T淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞和骨髓树突状细胞.HIV-1感染对宿主细胞的形态、基因表达以及新陈代谢有明显影响[1],并且在mRNA水平和蛋白质水平上改变了宿主细胞的基因表达[2].本文应用基因芯片分析HUT78细胞在HIV-1感染后发生的基因表达变化.
-
基因表达谱芯片筛选双环醇作用HepG2细胞后的差异表达基因
目的:应用基因表达谱芯片技术了解双环醇在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索.方法:以双环醇处理HepG2细胞,同时以二甲基硫氧化物(DMSO)处理的相同细胞系作为对照;24h后制备细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果:经基因表达谱芯片分析,12种基因的表达水平上调,9种基因的表达水平下调.结论:筛选到的一些与细胞周期、蛋白质的翻译合成、能量代谢、体内免疫调节、细胞凋亡及细胞内的信号传导方面的起重要作用及肿瘤发生相关的基因,推测了双环醇可能存在的调控机制的线索,尚需进一步的实验证明.
-
应用表达谱芯片技术筛选HBcAg反式调节基因
目的:筛选与克隆HBcAg激活基因,了解其在体内的调节功能线索及机制.方法:以分子生物学技术构建HBcAg的真核表达载体pcDNA3.1(-)-HBcAg,以表达质粒pcDNA3.1(-)-HBcAg转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果:HBcAg表达质粒pcDNA3.1(-)-HBcAg经酶切鉴定和DNA测序鉴定正确.经基因表达谱芯片分析,29种基因的表达水平上调,17种基因的表达水平下调.结论:筛选到一些与细胞内信号传导、免疫调节、细胞凋亡、蛋白质翻译合成、肿瘤发生相关的HBcAg反式调节的靶基因.
-
复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法
本文简述近年来复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法,并介绍清华大学生物信息学教育部重点实验室的有关工作.由于遗传、环境的相互作用及基因型-表型复杂的内部结构,常用的家系研究、基于遗传图谱的连锁分析、基于物理图谱的定位克隆以及关联分析等单基因病策略与方法,在复杂性疾病的分子机制研究上存在局限.在后基因组时代,生物信息学的发展,为从分子水平和系统观念研究复杂性疾病,以及研究模式从"序列→结构→功能"向"相互作用→网络→功能"的转变提供了契机.从多因素分析、基因的相互作用着手研究复杂性疾病成为热点.我们以信息、系统的观点,从功能基因组系统学出发研究复杂性疾病的机制,并在复杂性疾病的基因组合及相互作用信息提取、复杂性疾病基因转录水平和表达水平的芯片分析、多层次生物信息整合、分子调控网络建模、中医药生物信息学等方面进行了有益的尝试.
-
乙型肝炎病毒e抗原肝细胞结合蛋白新基因E-36基因表达谱芯片分析
目的:为了研究未知功能的HBeAg结合蛋白E-36的生物学功能,我们应用基因芯片技术对于pcDNA3.1(-)和pcDNA3.1(-)-E-36分别转染的HepG2细胞的基因表达谱进行分析,筛选能被E-36反式调节的靶基因.方法:应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术从HepG2细胞中扩增E-36蛋白编码基因片段,以常规的分子生物学技术构建表达载淋pcDNA3.1(-)-E-36.以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较.结果:构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定鉴定正确.提取转染细胞的总mRNA并进行逆转录成为cDNA,进行DNA芯片技术分析.在1159个基因表达谱的筛选中,发现有20个基因表达水平显著上调,包括甲状旁腺激素应答的骨肉瘤B1蛋白、SLIT2、核因子κB、白介素受体3、白介素6、血管紧张素Ⅰ转换酶、急性髓细胞性白血病1b、caspase 2、低密度脂蛋白1、T细胞受体重组β链、肿瘤坏死因子受体、肿瘤抑制亚转化因子、细胞周期相关激酶-2、亲代谢性谷氨酸盐受体-7、唾液酸转移酶-8及5个未知蛋白;真核细胞翻译延伸因子2基因的表达水平显著下调.结论:E-36基因的表达对于肝细胞基因表达谱有显著影响.DNA芯片技术是分析反式激活靶基因的有效技术途径.
-
乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒反式调节靶基因的抑制性消减杂交和基因芯片分析结果的比较
目的:筛选与克隆HBV和HCV蛋白反式调节靶基因,阐明HBV和HCV感染后慢性肝脏疾病的发病机制.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及表达谱基因芯片(cDNA microarray)技术筛选并克隆HBV和HCV蛋白反式调节的靶基因.以HBV和HCV蛋白的表达质粒转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.同时进行表达谱基因芯片技术分析.结果:成功构建人HBV和HCV蛋白反式调节基因差异表达的cDNA消减文库,对HBV和HCV蛋白反式调节的靶基因同时进行基因表达谱芯片的分析.在SSH分析中,文库扩增后均得到200-800 bp插入片段.对插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列.对于不同的肝炎病毒蛋白反式调节的靶基因类型,以及不同的分析技术研究的结果进行比较分析,发现了一系列的共同调节的靶基因,说明不同的肝炎病毒蛋白反式调节具有共同的作用途径.结论:筛选到的反式调节靶基因,包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,推测了HBv和HCV蛋白可能存在的调控机制,有助于阐明HBV和HCV蛋白的反式调节在慢性肝脏疾病的发生发展中的作用.
-
基因表达谱芯片技术筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因TAHCCP2的调节基因
目的:应用基因表达谱芯片技术了解TAHCCP2在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinfo-rmatics)技术筛选并克隆HCV核心蛋白反式激活的新型靶基因TAHCCP2.以TAHCCP2表达质粒pcDNA3.1(-)-TAHCCP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果:TAHCCP2表达载体pcDNA3.1(-)-TAHCCP2经酶切鉴定和DNA测序鉴定正确.经基因表达谱芯片分析,4种基因的表达水平下调.结论:筛选到的一些与体内氧化应激、细胞生长和能量代谢相关的基因,推测了TAHCCP2可能存在的调控机制的线索,尚需进一步的实验证明.
-
丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白6基因转染肝癌细胞的基因表达谱芯片分析
目的:筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白的肝细胞结合蛋白基因,并对新基因转染肝癌细胞的基因表达谱进行分析,探索该基因表达对肝细胞基因表达的调节机制.方法:应用酵母双杂交技术,以HCV的核心蛋白作为"诱饵(bait)",筛选鉴定与其结合的肝细胞中蛋白的编码基因.应用生物信息学(bioinformatics)技术,分析其中筛选得到的人HCV核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)基因的全长编码序列,并构建HCBP6基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)-HCBP6.应用基因表达谱芯片技术对重组表达质粒pcDNA3.1(-)-HCBP6转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测.结果:通过酵母双杂交技术的筛选和鉴定,结合生物信息学分析,确定人的HCBP6基因由456 nt组成,编码152aa的蛋白.基因表达谱芯片所检测的1 152条目的基因均为GenBank中登录的基因,HCBP6表达质粒转染的细胞有20条差异表达基因,其中13条基因表达增强,7条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞信号转导、增生、分化及生长调节密切相关.结论:酵母双杂交技术结合生物信息学技术,是克隆蛋白结合蛋白的有效方法,基因表达谱芯片技术对于初步全面探索新基因的功能提供重要的资料.本实验结果为进一步阐明HCV核心蛋白与Hcbp6相互作用后的肝细胞生物大分子变化提供了理论依据.
-
HBsAg结合蛋白C-12基因转染肝癌细胞的基因表达谱芯片分析
目的:为研究未知功能的乙型肝炎病毒(HBV)核心抗原(HBcAg)结合蛋白C-12的生物学功能,我们应用基因芯片技术对于C-12转染的HepG2细胞的基因表达谱进行分析,探索该基因表达对细胞基因表达的影响.方法:应用酵母双杂交技术筛选并验证HBcAg的肝细胞结合蛋白基因.反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术从HepG2细胞中扩增C-12蛋白编码基因片段,经测序鉴定后构建表达载体pcDNA3.1(-)-C-12.以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较.结果:筛选出肝文库中HBcAg结合蛋白新基因C-12,构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定鉴定正确.提取转染细胞的总mRNA并逆转录成为cDNA,进行DNA芯片技术分析.在1159个基因表达谱的筛选中,发现有16个基因表达水平显著下调,包括胰岛素受体、丝氨酸/半胱氨酸蛋白酶抑制剂、SUMO-1活化酶亚基1、肿瘤易感基因101、磷酸硒合成酶2(SPS2)、caspase 4凋亡相关半胱氨酸蛋白酶4、急性淋巴细胞性白血病易位子T、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、DEAD box蛋白多肽21、前折叠素5(Prefoldin 5)、丝氨酸棕榈酰转移酶、G蛋白通路抑制剂、肿瘤坏死因子受体相关蛋白、转化生长因子β1、ADP-核糖基转移酶及1个未知蛋白基因;1个未知功能蛋白编码基因的表达水平显著上调.结论:C-12基因的表达对于肝癌细胞基因表达谱有显著影响,基因表达谱芯片技术是探索基因功能的有效技术途径,实验结果为进一步阐明C-12与HBcAg结合后的肝细胞生物学变化提供了有力的依据.
-
乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP12的克隆化
目的:应用基因表达谱芯片技术及生物信息学技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关性疾病的发病机制.方法:以HBV X蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取总RNA进行逆转录,对产物行基因表达谱芯片分析.应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HBV X反式激活作用的新的靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被X蛋白反式激活,故命名为X蛋白反式激活蛋白12(XTP12),已在GenBank中注册,注册号:AY598792.PS2TP1基因的编码序列全长为731个核苷酸(nt),编码产物由230个氨基酸残基(aa)组成.结论:HBVX反式激活新靶基因被成功克隆,为进一步研究HBV X蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.
-
应用基因表达谱芯片技术筛选HBV前-S2蛋白反式调节基因
目的:乙型肝炎病毒(HBV)前-S2蛋白是由HBV S基因编码的具有多种功能的蛋白质.前-S2蛋白的表达对于HBV感染肝细胞的基因表达谱具有显著影响.为了研究前-S2蛋白反式调节的靶基因,我们应用基因芯片技术对于pcDNA3.1(-)和pcDNA3.1(-)-preS2分别转染的HepG2细胞的基因表达谱进行分析.方法:以含有HBV全基因组的质粒G376-7(GenBank号:AF384371)作为模板,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增前-S2蛋白编码基因片段,以常规的分子生物学技术构建表达载体pcDNA3.1(-)-preS2.以脂质体技术转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较.结果:构建的表达载体经过限制性内切酶分析和DNA序列测定,证实准确无误,提取高质量的总mRNA并进行逆转录成为cDNA,进行DNA芯片技术分析.在1152个基因表达谱的筛选中,发现有42个基因表达水平显著上调,36个基因表达水平显著下调.结论:HBV的前-S2蛋白是一种反式激活因子,前-S2基因的表达对于肝细胞基因表达谱有显著影响.
-
临床上利用全基因组测序对常见胎儿非整倍性进行非侵入性产前检查结果进行验证
文章发表在2013年6月的《Gynecoloncol》杂志上。
作者通过5个案例报道临床上利用全基因组测序对常见胎儿非整倍性进行非侵入性产前检查(NIPT)的次要发现。这5个案例分别为:案例1, NIPT发现染色体18p 的巨大的复制,这一结果被羊水细胞CG H 芯片分析结果所支持,终核型分析证实为18p 四体镶嵌性;案例2,NIPT 怀疑母源性的18q近端缺失,被 CGH 芯片检测母亲白细胞DNA证实;案例3,NIPT筛查结果显示21和18三体阴性,但随后常规产检中发现胎儿结构异常,回头深度分析早期NIPT 结果的缺失或重复,结果通过核型分析证实为3 q近端缺失;案例4,NIPT正确预测局限性胎盘嵌合体,包括 X、7、21染色体三体嵌合;案例5,NIPT 正确检测到一种先前不知道的45X母源性嵌合。 -
基因异常甲基化早期预测口腔白斑患者癌变1例
患者,女,61岁,2011年10月26日因发现口腔白斑1周来我科就诊。检查:15到17,27腭侧牙龈分别可见大小1.5cm×2cm、1cm×1.5cm的灰白色斑块,表面略粗糙、微突出于黏膜表面、质韧、边界不规则、界清、无触痛;14到26腭侧龈缘可见条带状的浅白色斑块,部分连接成片、界清、无触痛、均质;17腭侧可见0.3cm×0.3cm充血区,无触痛。临床初步诊断:口腔白斑。血常规无明显异常。组织活检:于17腭侧病损处取病理,病理组织沿长轴一分为二,一半用于病理检测,另一半提取DNA,用于甲基化基因芯片分析和肿瘤抑制基因P16、P15、RASSF1A、RASSF2甲基化状态检测。
-
LPS刺激诱导大鼠原代枯否细胞基因表达谱变化分析
目的::研究脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)刺激原代大鼠枯否细胞(Kupffer cell,KC)基因表达谱的变化情况。方法:胶原酶灌注消化和不连续密度梯度离心分离培养大鼠原代肝脏KC,采用LPS刺激细胞。 OneArray基因表达谱芯片检测LPS刺激后,细胞内基因表达谱的变化。采用实时荧光定量PCR法对表达上调显著的基因进行验证。结果:基因芯片结果显示LPS刺激后,原代KC内基因表达谱发生了明显变化。与正常对照组相比, LPS刺激组基因表达上调27个(包括Ces1f、Slc17a3、Slc21a4、Hsd17b2、Sorbs2、Ccdc116、Mgam、Myo5b、Etl4、Fabp1、Kif4b、Fosl1、Cyp4a1、Penk、Tmem221、Rpl5、Nr2f1、Hoxb1、Gpr165、Fam90a13p、Kpna6、Irak1bp1、Kcnh1和4个尚未命名基因),表达下调4个(包括Oc90、Tagln、Arxes2和Olr830)。其中Ces1f为上调显著的基因。实时荧光定量PCR验证结果显示,LPS刺激诱导KC对Ces1f基因表达水平上调达23.88倍。结论:LPS刺激可诱导大鼠原代KC基因表达谱发生变化。其中,Ces1f基因的上调表达为显著。
-
基因芯片分析急性心肌梗死患者外周血差异基因表达谱
冠状动脉疾病、心肌梗死是由多种遗传和环境因素,以及它们之间的相互作用引起的[1]。2007年的全基因组关联研究(GWA)揭示了遗传与急性心肌梗死的关系。目前已经有11个染色体片段(chromosome segments )确定与心肌梗死相关。有研究表明染色体9p21与冠心病相关性强[2,3]。这些异常基因将来可能作为急性心肌梗死诊断及治疗的新靶点。当前的热点基因 PSCK9被证实与脂代谢相关,人们发现通过调节 PCSK9可以影响低密度脂蛋白胆固醇的水平。而抑制 PCSK9的表达作为一种有效的降脂治疗新方法,已证明可以降低血脂并提高他汀类药物的疗效[4]。本研究拟采用基因芯片方法寻找与急性心肌梗死相关的差异基因,发现急性心肌梗死诊断的基因标记,并探索能用于急性心肌梗死治疗的靶基因。
-
唇腭裂患儿下调表达的miRNA相关研究
目的:唇腭裂是口腔颌面部常见的先天性畸形,危害严重.miRNA在细胞分化,生物发育及疾病发生发展过程中发挥巨大作用,越来越多的受到科研人员的关注.本课题对唇腭裂患儿下调表达的miRNA与唇腭裂相关性进行验证研究,为miRNA应用在唇腭裂防治中奠定一定的基础.方法:通过芯片分析方法检测唇腭裂患儿表达下调的miRNA,利用MIRDB、TAR-GETSCAN-VERT和RNA22-HSA这三个生物信息学软件对唇腭裂患儿表达下调的miRNA进行靶基因预测分析,验证候选miRNA与唇腭裂具有相关性.结果:得出唇腭裂患儿中出现差异表达下调的miRNA有hsa-miR-3119,hsa-miR-3915等73个,其中hsa-miR-3611对应的靶基因GABRB3和hsa-miR-764对应的靶基因F13A1有文献报道与唇腭裂具有相关性.结论:hsa-miR-3611,hsa-miR-764可能与唇腭裂的发生存在关联.
-
慢性HBV感染免疫耐受期与免疫清除期肝组织微小RNA表达谱差异分析
目的:探索慢性HBV感染免疫耐受期及免疫清除期肝组织微小RNA(miRNA)表达谱的差异并探讨其临床意义。方法应用miRNA芯片筛选9例HBV感染免疫耐受期、8例 HBV感染免疫清除期及6例健康对照者肝组织miRNA分子表达谱,进行组间两两比较后,筛选出肝组织中差异表达的miRNA。结果与健康对照组相比,慢性HBV感染免疫耐受期肝组织中miRNA分子上调9个,下调6个;慢性 HBV感染免疫清除期肝组织中miRNA分子上调8个,下调6个。与慢性 HBV感染免疫耐受期相比,免疫清除期肝组织中miRNA分子上调6个,下调1个。结论慢性HBV感染免疫耐受期和免疫清除期肝组织差异表达的miRNA可能与HBV感染后的免疫清除过程密切相关,有可能成为临床鉴别慢性HBV感染免疫耐受和免疫清除状态的新型分子标记。
-
浆细胞样树突状细胞通过GITRL活化NK细胞
NK细胞是天然免疫中一类十分重要的淋巴细胞,通过其细胞毒活性和产生淋巴因子,在机体抗感染、抗肿瘤、免疫调节和造血调控等方面发挥重要的免疫功能.该文报告通过基因芯片分析发现,静息和活化的NK细胞表面表达糖皮质激素诱导的肿瘤坏死因子受体(glucocorticoid-induced tumor necrosis factor receptor,GITR),而活化浆细胞样树突状细胞(pDC)表面优先表达糖皮质激素诱导的肿瘤坏死因子受体配体(GITRL),由受体与配体相互作用的模式推测pDC与NK细胞之间可能通过GITRL和GITR发生相互作用而调节固有免疫系统的功能.
-
我校科研人员首次发现重要的抑制骨肿瘤的细胞因子
第二军医大学药学院郭葆玉教授领导的课题组经过两年多研究,发现一种名叫单核细胞趋化蛋白-1的趋化因子对骨肿瘤有抑制作用。日前,该课题组对趋化蛋白-1的另一项科学实验结果,通过美国默津公司DNA芯片分析,发现它分别能提高和降低数十个抑制肿瘤和产生疾病的细胞因子的表达水平,特别是对趋化蛋白受体5(一种与艾滋病病毒进入细胞有关的辅助受体)的细胞有抑制表达的作用。经文献检索,这一发现在世界上尚属首次报道。 据介绍,人单核细胞趋化蛋白-1对多种免疫效应细胞包括单核细胞、T淋巴细胞和嗜碱性粒细胞具有显著趋化作用,参与免疫细胞在炎症或肿瘤局部的聚集和激活过程。郭葆玉教授等发现,该趋化因子对骨肉瘤的增长、转移具有明显的抑制作用。单独使用这种由基因工程方法生产的细胞因子,有较好的抑制骨肉瘤转移的效果,如与甲氨喋呤联合用药则对治疗骨肉瘤具有更强的协同治疗作用。这一研究成果为骨肿瘤的治疗,延长患者寿命提供了有效途径。